球队的崛起受到西班牙足坛的广泛欢迎，打破了长期以来巴萨和皇马三足鼎立的局面西甲降级球队，使西甲联赛变成了四强争霸。拉科鲁尼亚的崛起得益于多位巴西球星的加盟，自贝贝托加盟以来，近六七年间已有近20名巴西球员加盟。1999-2000赛季，拉科鲁尼亚一举超越巴萨和皇马，跃居联赛榜首，或许预示着该队将迎来新的黄金时代。

新世纪之初西甲降级球队，拉科鲁尼亚打破了巴塞罗那和皇家马德里对西班牙联赛的垄断，勇夺联赛冠军，在此期间西甲降级球队，拉科鲁尼亚在欧洲俱乐部最高水平的比赛中也表现出色，包括在里亚索尔以4比0战胜上届冠军AC米兰。

进入21世纪，以贝莱隆为核心，拥有特里斯坦、马凯等前锋的拉科鲁尼亚队表现愈加稳定，连续五个赛季位居西班牙前三，并在欧洲赛场上取得辉煌的成绩，先后击败曼联、阿森纳、AC米兰、尤文图斯、拜仁慕尼黑等一系列顶级球队。

然而2003-2004赛季，球队头号射手马凯以1875万欧元的身价加盟德甲拜仁慕尼黑，给球队带来重大打击。随后的2004-2005赛季，拉科鲁尼亚在转会市场上没有引进新球员，反而失去了内贝特等人，导致球队在联赛中仅排名第九，最终导致主教练伊鲁埃塔辞职。

2005年夏天，拉科鲁尼亚继续“卖”球星，卢克、潘蒂亚尼等球员也相继离队，“超级拉科鲁尼亚”时代宣告结束。在1992年至2004年的“超级拉科鲁尼亚”时期，球队夺得1次西甲联赛冠军、4次亚军和3次季军，连续5年参加欧冠联赛，成绩斐然。2004年，欧足联排名跃升至欧洲俱乐部第5位。

拉科鲁尼亚足球俱乐部凭借华丽的球风赢得了众多球迷的喜爱，并以频频创造奇迹而闻名：升入西甲联赛后的第二年便夺得亚军；在皇马百年庆典上战胜皇家马德里夺得国王杯；在欧冠联赛中0：3落后巴黎圣日耳曼的情况下下半场连进四球逆转取胜；2002/2003赛季在落后西甲领头羊11分的情况下连赢33轮夺冠；在欧冠联赛首回合1：4不敌AC米兰后，次回合4：0逆转取胜。拉科鲁尼亚足球俱乐部的出色表现总是给人留下深刻的印象，让球迷难以忘怀。